O enredo de Omega acontece no futuro, 25 anos depois das guerras santas narradas no mangá original e sua adaptação para anime. A deusa Atena ainda está na Terra enfrentando o mal como vem fazendo há milênios. Atena e sua nova geração de Cavaleiros se preparam para enfrentar um novo inimigo que surge nesta nova era, em que Seiya de Pégaso, o protagonista do mangá de Kurumada, é reverenciado como um Cavaleiro lendário.